近几年来，肠道疾病发病率呈上升趋势，据统计，我国每100人中就有9人受到便秘困扰，其中绝大多数是没有任何器质性原因的功能性便秘。主要表现是大便次数减少，粪便干燥或粪便不干，排出不畅。可伴随腹胀、腹痛、食欲减退、反胃等症状。慢性便秘具有诸多危害，患者因排便费力和排便时间延长，会导致血压急剧升高，容易诱发脑出血、心绞痛、急性心肌梗死等，严重时可出现排便时猝死。其次，便秘可引起或加重直肠肛门疾病，如肛裂、痔疮、直肠炎、溃疡、肠穿孔等，并可诱发大肠癌，据资料表明，严重便秘者的结肠癌发病率也明显升高，可以达到10%。
慢性便秘的危害不仅于此，潴留体内的粪便毒素可引起胃肠神经功能紊乱，干扰大脑功能诱发失眠抑郁和焦虑，毒素的吸收也会引发痤疮、黄褐斑、暗疮等皮肤问题。由于每次长时间用力排便，引起会阴部血液循环不畅，导致性生活障碍，女性易发生痛经等。
传统的功能性便秘主要使用不同类型的泻药刺激肠道，部分顽固性甚至不得不采取手术治疗。这些以大黄芦荟等刺激性泻药为主要成分的治疗方法主要是对症治疗，只能临时使用，如果长期服用副作用很大且治疗效果十分有限，易造成肠道菌群失衡，出现药物依赖，损害肠神经系统，肠道平滑肌萎缩，破坏肠蠕动功能，进一步加重便秘。而目前肠道微生态（使用益生菌等治疗手段）治疗慢性便秘的机制正在逐渐被揭示，研究发现便秘患者都存在着严重的肠道菌群紊乱，而且具有规律性，根据布氏法检测，菌群紊乱程度和粪便的硬度也是密切相关。随着年龄的增长，肠道菌群的种类和多样性都出现明显下降，便秘的发病率也在逐步提升，老年人中便秘患者可以达到百分之三十。人们发现通过服用益生菌制剂，甚至日常服用酸奶都对便秘症状有一定的改善作用。通过定期补充肠道有益菌，不仅发挥优化肠道菌群的作用，还能够改善肠道的代谢环境，如帮助人体消化食物中的膳食纤维，促进结肠内食物残渣发酵，使粪便质地软化疏松，还可以增加短链和长链脂肪酸的生成吸收、促进5-羥色胺（5-HT）等神经递质的生成及肠蠕动加强，从而进一步促进肠道的功能恢复。
近来国外有研究报道通过调节肠道菌群可以促进肠道多能神经干细胞再生，修复损伤的肠道神经，通过神经的修复可以促使结肠平滑肌恢复收缩能力，该研究为慢性顽固性便秘的治疗带来了治愈的希望。
通过改善肠道微生态治疗便秘的适应人群很广泛，而肠功能康复问题正越来越受到大家的关注如果患者没有肠道器质性病变，无心血管疾病、糖尿病、神经系统疾病，经过多种治疗途径反复刺激肠道排便失败者，都可以前往正规医院开展肠道微生物组的检测和分析，由专家进行鉴别诊断和对症治疗。目前上海市第十人民医院微生态临床研究与诊治中心联合普陀区人民医院肠功能康复专科正在开展的以微生态治疗为主的肠功能康复治疗。可以根据便秘病人肠道菌群与正常人群菌群的差异，向患者肠道中补充相关益生菌制剂，使其有益菌群恢复正常，便秘的症状得到改善。益生菌制剂无毒无害，对肠道没有损伤，通过对多菌种的复配也改变了以往单一菌群补充的局限性。目前微生态干预治疗肠道疾病也已成为一种新的趋势。
