肾结核是慢性膀胱炎的常见原因，因此凡是无明显原因的慢性膀胱炎，症状持续存在并逐渐加重伴有终末血尿，尤其是青壮年男性有慢性膀胱炎，尿培养无细菌生长抗菌药物治疗无明显疗效，附睾有硬节和伴慢性阴囊窦道者都应该考虑有肾结核的可能。
下列检查有助于诊断：
一、尿检查尿呈酸性。尿蛋白阳性有较多红细胞和白细胞，尿沉淀涂片，抗酸染色约50%-70%的病例可找到抗酸杆菌，以清晨第一次尿的阳性率最高，至少连续检查三次，若找到抗酸杆菌，不应作为诊断肾结核的唯一依据。
二、影像学诊断。包括b超、CT、核磁共振都检查，对确诊肾结核，判断病变严重程度，决定治疗方案非常重要。
三、膀胱镜检查，可见膀胱黏膜充血、水肿，浅黄色结节、结核性溃疡、肉芽肿及瘢痕等病变，膀胱三角区和病侧输尿管口周围较为明显，结核性肉芽肿易误诊为肿瘤，必要时活组织检查明确诊断。
延误肾结核的诊断临床上常有下列两种情况，一是满足于膀胱炎的诊治，长时间使用一般抗感染的药物，疗效不佳时却未进一步追查引起膀胱炎的原因；二发现男性生殖系统结核，尤其是附睾结核，而不了解男性生殖系统结核常与肾结核同时存在，未要做尿检查和尿抗酸杆菌检查，有时还用做静脉尿路造影检查。
