幼年特发性关节炎,总体预后较好,适当处理后75%的患者不会严重致残,并发症主要是关节功能丧失和虹膜睫状体炎所致的视力障碍,但是就个例而言,预后难测,有些人在历经数年缓解后,在成人期,偶尔也会出现复发,有人就认为类风湿因子阳性滴度越高,预后越差。
另外,目前有报道幼年特发性关节炎可能发生严重并发症,也就是巨噬细胞活化综合征,这种疾病常急性发作。多见于男性患者,临床表现为快速进展的肝功能衰竭,脑病,紫癫瘀斑和粘膜出血,甚至可以死亡。主要认为是由于T淋巴细胞和巨噬细胞的活化以及不可抑制的增生,导致细胞因子过度产生所致。