引起肠道菌群失调的原因主要有饮食因素、菌丛的变化因素、药物的代谢因素、年龄因素、胃肠道免疫功能障碍等。
1、饮食因素：
饮食可使粪便菌丛发生明显改变，无纤维食物促进细菌易位，纤维能维持肠黏膜细胞的正常代谢和细胞动力学，食物纤维能减少细菌易位，但不能使屏障功能恢复至正常。
2、菌丛的变化因素：
菌丛组成可因个体不同而存在差异，但对同一个人来说，在相当长的时期内菌丛组成十分稳定，每个菌种的生态学地位由宿主的生理状态、细菌间的相互作用和环境的影响所确定。
3、药物的代谢因素：
肠道菌丛在许多药物的代谢中起重要作用，包括乳果糖、柳氮磺胺吡啶片 、左旋多巴片等，任何抗生素都可导致肠道菌丛的改变，其取决于药物的抗菌谱及其在肠腔内的浓度，盐酸林可霉素胶囊和氨苄西林胶囊等容易引起菌群失调，使耐药的艰难梭菌大量繁殖而致病，导致抗生素相关性腹泻（伪膜性肠炎），应用甲氰咪胍等H2受体拮抗剂可导致药物性低胃酸和胃内细菌增殖。
4、年龄因素：
随着年龄的增高，肠道菌群的平衡可发生改变，双歧杆菌减少，产气荚膜杆菌增加，前者有可能减弱对免疫机能的刺激，后者导致毒素增加使免疫受到抑制，老年人如能维持年轻时的肠道菌群平衡，也许能够提高免疫能力。
5、胃肠道免疫功能障碍：
胃肠道正常免疫功能来自黏膜固有层的浆细胞，浆细胞能产生大量的免疫球蛋白，即分泌型IgA，此为胃肠道防止细菌侵入的主要物质。一旦胃肠道黏膜合成单体或双体IgA，或合成分泌片功能发生障碍，致使胃肠道分泌液中缺乏分型IgA，则可引起小肠内需氧菌与厌氧菌过度繁殖，从而造成菌群失调，引起慢性腹泻。无症状的IgA缺乏者，小肠内菌群亦可过度繁殖。新生儿期菌群失调发生率较高，亦可能与免疫系统发育未成熟或不完善有关。
