急性肾小管肾炎通过病理检查往往会表现为间质弥漫性的炎性细胞浸润伴有间质水肿。药物所导致的急性肾小管肾炎,往往进入细胞呈片状分布,病变初期主要位于皮髓质的交界处。严重的急性肾小管肾炎,可以见弥漫分布,浸润细胞主要是T细胞、单核细胞、巨噬细胞,会伴有浆细胞、嗜酸细胞以及中性粒细胞。
一些特殊的病例中在间质或者破坏的小管周围可以见到肉芽肿样病变。不同原因导致的急性间质性肾炎浸润细胞的种类有所差别。慢性肾小管肾炎在病理表现上,光镜下会呈现出多灶性或大片状的纤维化,伴有淋巴细胞以及单核细胞浸润肾小管萎缩变性,管腔扩大,肾小管基膜肥厚,肾小球出现缺血性硬化,小动脉和系动脉内膜有不同程度的增厚,狭窄甚至闭塞,但是没有血管炎的表现,免疫荧光检查阴性,电镜检查往往也没有特殊表现。