妊娠合并结石首选保守治疗，应根据结石的大小，梗阻的部位，是否存在感染，有无肾实质损害，以及临床症状来确定治疗方法。原则上对于结石较小，没有引起严重肾功能损害者采用综合排石治疗。包括多饮水，适当增加活动量，输液利尿、解痉、止痛和抗感染的措施。促进结石排出，对于妊娠的结石患者，保持尿流通畅是治疗的主要目的，通过局麻下经皮肾穿刺造瘘，置入双进管或输尿管支架等方法引流尿液，协助结石排出，或为以后治疗结石争取时间。
妊娠期间，麻醉和手术的危险很难评估。妊娠前三个月全麻会导致胎儿的畸形率增加，但是一般认为这种机会很少，提倡局麻下留置输尿管支架。肾积水并感染积液者，妊娠22周前在局麻超声引导下，进行经皮肾造瘘术为最佳的选择，引流同时可进行细菌培养指导治疗，与留置输尿管支架管一样，经皮肾穿刺造瘘也可避免在妊娠期进行，对妊娠影响较大的碎石和取石治疗。
有30%的患者经保守治疗失败或结石梗阻，并发严重感染、急性肾衰竭而终止需要手术治疗。妊娠合并结石，不宜进行体外冲击波碎石、经皮肾镜治疗，有报道，妊娠合并结石的患者进行手术，包括经皮肾穿刺造瘘记录双进管和输尿管支架肾切除，肾盂输尿管切开取石、输尿管镜取石和碎石，甚至经皮肾镜取石术。但是如果出现并发症，极难处理一般不提倡创伤较大的治疗方法。
