新生儿隐球菌病的临床表现,症状多起于生后不久或者是出生时也可发生于新生儿后期,起病较缓慢,当然也有急性起病,临床表现常不典型,病初表现为吃奶差、哭声异常或者十岁逐渐出现肢体痉挛或者惊厥,严重时出现角弓反张,伴黄疸和肝脾极度中大有的新生儿则黄疸持续不退而就诊,体温在正常范围或者有轻到中度的发热,可血小板减少以及出血倾向。
曾有报道发生白内障者,上述症状容易被认为是巨胞病毒或者是空心虫感染所导致的神经系统,体征一般不明显,颅内压增高明显的时候可有前线紧张或者突起,有些出血痉挛肌张力改变,巴彬斯基征阳性,头颅x线摄片可见脑实质内斑点状钙化影,胸片显示间质性肺炎以及局灶性肺不张,脑脊液检查细胞数增多,以淋巴细胞为主蛋白增加糖以及氯化物,但以糖定量下降更为明显。