慢性肾盂肾炎的病理特点是肾组织活动性炎症与修复,及瘢痕形成的综合改变,因病情和病程不同,病变可累及一侧或双侧肾脏,上次肾脏损伤程度可不相同,病变分布也不均匀,呈不规则性,灶性,多灶性,或片状。
大体解剖可以见到肾包膜苍白,不易剥脱,肾外表因瘢痕收缩而凹凸不平,肾盂及肾盏扩大,肾盂,肾盏黏膜及输尿管管壁增厚,肾皮质及乳头处瘢痕形成,肾髓质并行皮质,与髓质分界不清,严重者肾实质广泛萎缩,光镜下面可以见到肾间质,淋巴细胞单核细胞浸润,急性发作期还可见中性粒细胞浸润,但不同程度肾间质纤维化,大量肾小管萎缩和消失,管腔内充盈浓稠,蛋白管型,有时管腔内可见白细胞,早期肾小球相对正常,晚期肾小球荒废。