在临床上引起肛瘘的最常见疾病仍然是直肠肛管周围脓肿,直肠肛管周围脓肿因为治疗不及时,或者其他原因会自行破溃,破溃后很大程度上都会形成肛瘘。另外,如果直肠肛管周围脓肿,只是进行了切开引流术,没有进行根治术或者一期挂线术,那么术后也很容易形成肛瘘。
切开引流口以及破溃口会形成肛瘘的外口,因为脓腔会反复发作,反复形成炎性感染,也就是慢慢的会出现致密纤维组织的包裹,近管腔处多数为炎性肉芽组织,后期腔内可出现上皮化,也就形成典型的内口,外口和瘘管。除此之外,结核,溃疡性结肠炎等等,也可能引起肛瘘,只是比较少见。