尖锐湿疣初期疣体较少的时候治疗上主要以局部治疗为主,可以使用鬼臼毒素酊,是抗有丝分裂的药,能够破坏疣体,每天两次外用,连用三天,停药四天为一个疗程,有必要的时候可以重复治疗达四个疗程。治愈率有达到86%至93%,但是有致畸的作用,孕妇是禁用的。另外还有可以使用三氯醋酸或二氯醋酸溶液,都是一种腐蚀剂,通过对蛋白的化学凝固作用而破坏疣体,使疣组织坏死、干固和脱落,每一到两周一次外用,连续用药不超过六次。
另外,常用的还有咪喹莫特,为局部外用免疫调节药,刺激局部产生干扰素和其他细胞因子,每天晚上睡前外用,每周三次,用药六到十个小时后清洗掉,可用十六周,通常八到十周疣体脱落。