对于自身免疫性甲状腺炎发生的病因来说,多考虑患者有自身免疫疾病的存在,例如部分患者血清和甲状腺组织内含有的甲状腺抗原抗体较多,有可能产生免疫反应而引起患者甲状腺部位的损害。其次,对于部分患者,如果家族之中有两位以上的患者有自身免疫性甲状腺炎,其发生自身免疫性甲状腺炎的几率会大大的增加。
另外对于部分患者,如果摄入过多的碘元素,例如进食海带、海鱼、紫菜等食物过多,也会促使自身免疫性甲状腺炎的发生。另外,对于部分患者,如果有干燥综合征、系统性红斑狼疮等自身免疫性疾病,其发生自身免疫性甲状腺炎的几率也会明显的增加。