到目前为止,对腭裂的机制尚未完全明了,所以腭裂的发病因素没有得到彻底的查明。但是大量的研究结果表明,很多因素与腭裂的发生有着极大的相关性,比如说遗传因素、营养因素、感染和损伤、内分泌的变化、药物影响、烟酒刺激等等,都与腭裂的发生有相关性。
特别是在母亲孕期,母亲的一些不良习惯以及疾病都是有可能会导致腭裂的,比如说怀孕前三个月,如果母亲维生素缺乏、吸烟、饮酒、过多的饮用咖啡,都可以增加腭裂发生的风险;或者是在怀孕期间,母亲患有糖尿病或者因病服用苯妥英钠、皮质类固醇激素等药物,也可以增加胎儿罹患腭裂的风险。