肛瘘形成的原因有:多种原因造成的机体内分泌变化,其中雄激素及其受体表达增多或者是雄激素受体敏感性升高,同时伴或不伴有免疫力的降低,最终促使肛腺分泌增多,炎症增强和结构解剖改变,使肛腺的引流不畅,此时若有致病菌感染肛窦,蔓延至肛腺内部,则致病菌滋生形成脓肿灶,脓肿迁延不愈,沿着肛周肌群间的疏松结缔组织引流,到达外周皮肤溃破后形成肛瘘,瘘管形成以后在雄激素等原因的持续刺激下,不断局限化上皮化,并形成慢性的感染灶,使肛瘘迁延不愈,反复发作。
因此常见的疾病就有直肠脓肿破溃以后肛门会阴部手术感染,如产后会阴部手术,尿道前列腺手术。
另外,糖尿病、白血病、结核等患者机体免疫力下降,可以造成肛瘘,还有一些如克罗恩病、溃疡性结肠炎。
另外还有一些恶性肿瘤,如直肠癌、肛管癌等,也可以是肛瘘发生的原因。