系统性红斑狼疮患者潜伏期是无法推测,有的患者可能是5-10年,而有的患者可能仅仅5到10天左右。大多数系统性红斑狼疮患者起病是非常隐匿,仅仅表现为轻度的关节炎、皮疹或者脱发、口腔溃疡。之后患者的症状可以长期处于稳定状态,在某种诱因作用下逐渐出现多系统损害,比如导致肾脏损伤、血液系统损伤或者中枢神经系统病变。
只有极少数患者,一开始起病就累及多个脏器和系统,甚至表现重症的狼疮危象。系统性红斑狼疮的自然病程,也是表现为病情加重以及缓解相交替。系统性红斑狼疮,目前没有办法根治,但通过合理规范化药物治疗,可以控制症状发展。