抗结核药物的副作用最常见的是胃肠道反应。患者可以出现不同程度的食欲下降、腹胀,严重者可有恶心、呕吐等。对于既往有胃肠道病史的患者,其症状更加明显。患者可以出现不同程度的肝功能损害,轻者主要有恶心、呕吐、厌油、食欲下降,严重的可以出现肝功能衰竭。过敏反应主要表现为皮肤的瘙痒、发红、皮疹等。高尿酸血症,主要是见于患者口服吡嗪酰胺的患者,可以因高尿酸血症导致患者出现关节疼痛、痛风的发生。听力和肾功能损害。
另外,还可以有视神经炎,患者的视力下降、视野模糊等。周围神经炎,主要患者出现四肢的麻木,部分患者还可以出现中枢神经的毒性反应,例如诱发癫痫、躁狂等神志改变。骨髓抑制较为少见,主要出现白细胞下降、血小板减少等。