抽动症需要与癫痫、多动症、痉挛性斜颈、自身免疫性脑炎等疾病相鉴别。
抽动症与肌阵挛性癫痫：都表现为面部及肌体肌群的突发性抽动，且反复发作，但是抽动症的抽动频率快，用意志可以短暂控制，发作频率与精神情绪有一定的关系，智力大多正常，脑电图也无特异性改变。而肌阵挛性癫痫发作时表现为头下弯，双上肢屈曲，两大腿向腹部屈曲，抽动的频率慢，用意志不能控制，发作频繁者智力常常受影响，且脑电图会有异常，可见癫痫波。
抽动症和多动症的区别：抽动症指的是身体上的一些症状，包括挑眉毛、挤眉弄眼、耸肩、清鼻子、清嗓子、抖肩、抖腿等，多动症指的是孩子闲不住，比如说上课不注意听讲，但是他没有一个具体身体上的动作，所以抽动症和多动症完全不是一个病。
抽动症与痉挛性斜颈的区别：痉挛性斜颈发作时头向一侧倾斜，来回抽动，持续10分钟左右，间歇期无症状，数日或数周后可以再重复发作。而抽动症则合并其他部位的抽动，且速度快，病程长可以反复发作。
抽动症与自身免疫性脑炎的区别：有些脑炎患儿以发作性挤眉弄眼、肢体及躯干的抽动伴有咒骂而就诊，症状与抽动症非常相似。但同时伴有脑炎的相应症状，如高热、头痛、呕吐呈喷射性等等。查体可见病理反射阳性，脑脊液有相应变化，脑电图异常。可以鉴别。
