肾结石的形成过程是某些因素造成尿液中成石物质浓度升高或溶解度降低，呈过饱和状态，析出结晶并在局部生长聚集，最终形成了肾结石，其中的几个病因包括代谢异常，局部的解剖异常，还有相关的药物引起的。
尿路结石大多数是由人体代谢产物构成的，不同成分的结石可以反映出体内相应成分的代谢异常，尿液中常见的结石成分包括钙，草酸，尿酸和胱氨酸等，任何身体紊乱造成成分异常都有可能启动结石形成或者促进结石的生长。
局部因素是指由于尿路系统的局部因素所造成的结石，都是在其它病变基础上形成的，包括泌尿系梗阻，泌尿系感染这些因素，梗阻可以导致感染和结石的形成，而结石本身也是尿路中的异物，会加重梗阻和感染的程度。
当然，还有一些诱发因素，包括天气因素，饮食因素等等，气候可以直接或间接诱发结石形成，夏季是发病高峰，排汗和呼吸丢失的水分增加，使得尿液浓缩，其次是日照时间延长，人体合成一二十五双羟维生素D增加，体内钙的含量增加，尿钙的排泄增高也容易形成结石，当水分摄入不足可使尿液浓缩，过量食用动物蛋白，钠，钙，长期低镁饮食都会增加肾结石的形成的风险，山区饮用水未净化，含较多的矿物质也可能会增加成石的风险，这些都是结石形成的一些因素。
