上呼吸道感染和流行性感冒是有着明显的不同,上呼吸道感染更多见于感冒的患者,此些普通病毒性感冒多是由鼻病毒、腺病毒、呼吸道合胞病毒等感染而引起,流行性感冒主要是由流行性感冒病毒感染而引起,当然部分上呼吸道感染还可以因细菌感染而引起,例如由细菌感染引起了相应的鼻炎、鼻窦炎、急性扁桃体炎等,上呼吸道感染所涉及的疾病种类更多,可以见于细菌和或病毒混合感染。
另外,治疗上也有着不同,例如普通病毒性感冒多可以根据病情口服些感冒药配合对症处理,如果是细菌感染导致了上呼吸道感染性疾病,还需要使用抗生素的消炎治疗,流行性感冒需要使用奥司他韦胶囊等抗流感病毒的药物治疗。