硫酸卡那霉素注射液的禁忌主要包括对本品或其他氨基糖苷类药物有过敏史的患者应禁用本品。患有失水、第8对脑神经损害、重症肌无力或帕金森病、肾功能损害等疾病的患者应谨慎使用本品。
本品在孕妇用药中属D类,也就是说对人类有危害,但用药后可能利大于弊。硫酸卡那霉素注射液可穿过胎盘屏障进入胎儿组织,有引起胎儿听力损害的可能。妊娠妇女使用本品前必须充分权衡利弊。本品在乳汁中分泌量很低,但通常哺乳期妇女在用药期仍宜暂停哺乳。
此外,本品是氨基糖苷类抗生素,在儿科中应慎用,尤其早产儿及新生儿中不宜应用,因其肾脏组织尚未发育完全,使本类药物的半衰期延长,可能在体内积蓄而产生毒性反应。