如果确诊是霉菌阴道炎，给予抗真菌的药物进行治疗，可以采取局部治疗，也可以采取全身治疗，以局部治疗为主。
对于单纯性的霉菌阴道炎，如果采取局部治疗，常用的药物是克霉唑制剂和咪康唑制剂等等。如果没有性生活史或者是不适合局部用药的，可以采取全身用药，一般口服药物治疗，常用是氟康唑150mg顿服。
对于单纯性阴道炎治疗疗程结束以后，如果症状控制了，建议停药7到14天到医院复查，以评价治疗的效果，如果没有彻底治愈，建议在原有阴道炎治疗的基础上，再延长治疗一到两个疗程。
如果对于复杂性的阴道炎，包括严重的阴道炎或者是复发性的阴道炎，就是在单纯性阴道炎治疗的基础上，再延长一到两疗程。对于复发性的，在临床治愈以后，还要进行巩固治疗，目前没有一个固定的治疗的方案。
如果采取局部用药，在每个月容易复发的时间，给予一个疗程的局部用药，连用六个月，如果采取口服药物治疗，可以每周口服氟康唑150毫克，连服6个月。
因为氟康唑属于抗真菌的药，长期服用可以导致肝功能异常，所以在服药的过程中要严密监测肝功能，出现肝功的异常建议停药，恢复正常以后可改用其它的药物治疗。
因为霉菌阴道炎是一种内源性的感染，如果性伴侣没有症状，不需要进行常规治疗，如果有症状要及时进行诊治。
