治疗霉菌性阴道炎常选用唑类的抗真菌的药物与局部治疗为主，但是如果没有性生活史或者是不适合局部用药者，比如在月经期可以选择口服的药物治疗。对于单纯性的霉菌性阴道炎无论是局部用药或者是全身的用药，在治疗1个疗程结束以后建议停药7-14天，要进行复查以评价治疗的效果，如果没有彻底治愈，在原有治疗的基础上再多1-2个疗程。
另外，对于复杂性霉菌性阴道炎比如说重度的霉菌性阴道炎或者是复发性的霉菌性阴道炎，建议进行强化治疗和巩固治疗，对于重度的霉菌性阴道炎如果为口服的或者是局部用药一日的疗法，建议在72小时以后再加用一次，如果为局部用药是3-7天的方案，则延长7-14天。
对于复发性的霉菌性阴道炎就是治疗的方案分为强化治疗与巩固治疗，强化治疗在达到治愈以后再给予巩固半年。巩固治疗的方案目前没有一个成熟的方案，对于选择口服用药者可以每周口服氟康唑150毫克一次，连服6个月，也可以根据方案的规律进行每月给予一个疗程的局部的用药，也是连续6个月。
对于复杂性的霉菌性阴道炎在治疗之前要做阴道分泌的培养加药敏实验选择敏感的药物进行治疗。但是在用药时间要注意药物的副作用，如果出现肝功能的异常立即停药，副作用消失以后更换其他的药物。如果性伴侣有症状要及时的进行诊治，以免是女性发生重复的感染，经过以上治疗以后能够很快的治愈霉菌性的阴道炎。
