可以从以下两个方面来区分。
第一、临床表现不同,跖疣表现在掌趾脚趾间,掌趾关节等部位,表面毛糙,有黑色出血点的油状增生物。自行抠抓或者修剪后其出血明显。鸡眼则表现为在脚指尖,骨头皮肤突出部位的。无皮肤纹理,扁平的淡黄色鸡眼样的皮疹结构,在受压或者行走压迫时疼痛明显。
第二、病理表现不一样,跖疣表现为表皮细胞增生,部分呈乳头瘤样增生,肌层细胞可见病毒感染细胞包裹的特殊细胞,呈鸡眼样或者鱼眼样的结构。鸡眼表现为单纯的角质层,肌层的肥厚增生,无明显的病毒感染的细胞征象,这是两者的主要区别。但临床上可以见跖疣和鸡眼并发的情况。