首先要给予支持治疗，包括一些保护措施，比如对于重型再障患者要给于保护性隔离，预防感染，注意饮食和环境卫生，注意避免出血，防止外伤和剧烈的活动，不要用对骨髓有损伤作用和抑制血小板功能的药物。进行必要的心理护理，要给予对症治疗。
首先要纠正贫血，如果血红蛋白低于六十克每升，而且病人对贫血耐受比较差的时候可以输入红细胞，但应防止输血过多。
另外要控制出血，可以使用止血药物比如酚磺乙胺，女性子宫出血可以肌注丙酸睾酮，输入浓缩血小板对血小板减少引起的严重出血有效果，还要控制感染，及时采用经验性广谱抗生素治疗，控制感染。真菌感染可以使用两性霉素b等抗真菌药物，要给予护肝治疗，再障常合并肝功能损害应该选用护肝药物。
针对发病机制的治疗，首先是免疫抑制治疗，可以给予抗淋巴胸腺细胞球蛋白治疗，再就是环孢素以及其他药物包括CD3单克隆抗体，麦考酚吗乙酯，环磷酰胺，甲泼尼龙等。给予促造血治疗，比如雄激素司坦唑醇，十一酸睾酮，达那唑，丙酸睾酮，造血生长因子特别适用于重型的再生障碍性贫血。重组人粒细胞集落刺激因子，可以促进白细胞增生。重组人红细胞生成素可以促进红细胞增生。
一般在免疫抑制治疗重型再障后使用，造血干细胞移植对于四十岁以下没有感染和其他并发症，有合适供体的重型再障患者，可以考虑造血干细胞移植治疗。
