目前认为阴茎癌主要就是包皮垢或者炎症长期刺激导致,阴茎癌绝大多数都发生在有包皮过长和包茎的患者。文献研究表明,在犹太民族新生男婴儿出生后,一般早期行包皮环切手术基本没有阴茎癌的发生,在伊斯兰教男性教徒幼年期行包皮环切手术,阴茎癌也非常少见,从另一方面证明阴茎癌就是包皮过长,包茎有关。
另外一些有恶性倾向的疾病,比如阴茎皮角,阴茎黏膜白斑,巨大尖锐湿疣,也有可能恶变成为阴茎癌,人体乳头状瘤病毒感染以及吸烟可能也是阴茎癌发病的重要原因;其他的因素包括外伤、紫外线线照射、包皮龟头、干燥性炎症也会导致。