容易与尿道综合征、肾结核、肾小球疾病、前列腺炎、尿路结石、发热性疾病、腹部器官炎症相混淆,发热性疾病有部分急性尿路感染的病人以发热为主症,尿路刺激不明显所以容易相混淆。
如流感、上呼吸道感染、疟疾、败血症等相混淆,所以需要详细的询问病情,局部症状并检查尿沉渣、尿常规,甚至做尿细菌学检查才可以进行鉴别。
腹部器官炎症,因为尿路感染可以表现为腹痛、恶心、呕吐、发热、白细胞增高,所以误以为是急性胃肠炎、阑尾炎、附件炎。
尿道综合征,在有尿道症状的妇女中约70%的患者有脓尿和细菌药,还用于尿结石、肾小球肾炎、前列腺炎等相鉴别。