乳腺癌的术后除了做常规的HE染色以外，还需要做免疫组化，因为它牵涉到乳腺癌的内分泌治疗和靶向治疗是否进行。
主要的指标包括ER、PR、HER-2、Ki-67、P53等，其中ER是指雌激素受体，如果是阳性提示预后比阴性患者要好，这里面加号越多越好。PR指的是孕激素受体，阳性提示预后比阴性者要好，为什么ER、PR阳性预后好呢，这是因为正常乳腺上皮细胞内存在ER、PR，当细胞发生癌变时，ER、PR会出现部分或者全部的缺失，如果ER、PR阳性，说明乳腺癌细胞的生长和增殖仍然受内分泌的调控，两者同时阳性预后最好，一个阳性，一个阴性中，雌激素如果是阳性要好于孕激素阳性。
HER-2与乳腺癌预后的关系是把双刃剑，HER-2的表达是与乳腺癌分级、淋巴结转移和临床分析成正相关的。过度表达表明患者预后不好，一般三个加号认为是阳性，如果是一个加号是认定阴性，两个加号建议做fish检测来确认是否需要用生物靶向药物。对于三阴性乳腺癌，ER、PR、HER-2都是阴性，这种是预后比较差的。
Ki-67是反映细胞增值的一种增值抗原，它的表达与乳腺癌发生发展有关，是一个不良预后因素，数值越高预后越不好。
P53是一种肿瘤抑制基因，它的突变预示着预后不良，P53突变率高的乳腺癌细胞增殖活力强、分化差、恶性度高、侵袭性强、淋巴结转移率比较高。
