由于手术后克罗恩病患者的复发率比较高,因此手术适应症主要是针对并发症包括完全性肠梗阻、瘘管以及腹腔脓肿、急性穿孔或不能控制的大量出血,应当注意的是对肠梗阻要区分炎症活动引起的功能性痉挛,与纤维狭窄引起的机械梗阻。前者经进食积极内科治疗多可以达到临床缓解而不需要手术治疗。
对于没有合并脓肿形成瘘管,积极内科保守治疗有时可以达到闭合,合并脓肿形成或内科治疗失败的瘘管才是手术治疗的指征。一般来说手术方式主要是切除病变肠段,术后应当注意进行复发的预防可以选用美沙拉嗪在半年内进行内镜检查,一旦内镜下复发,建议应用硫唑嘌呤等免疫制剂进行治疗。对于易于复发的高危患者可以考虑使用英夫利昔单抗进行治疗,预防应用推荐在术后两周开始,持续时间不少于三年。