对于细菌性肠炎最重要的就是抗生素的选择,一般要进行大便细菌培养和药物敏感实验的检查,在获得结果之前,可以经验性的使用哌拉西林、头孢菌素或氟喹诺酮类,像哌拉西林他唑巴坦、头孢他啶、头孢哌酮舒巴坦或左氧氟沙星进行治疗。也可以联合一些抗厌氧菌的药物,像替硝唑、奥硝唑等等。
获得了药物敏感试验结果之后,根据治疗效果和药物敏感试验结果再选择是否更换抗生素。根据患者的脱水情况,还可以选择静脉输液或口服补液盐,此外还可以用黏膜保护剂和益生菌制剂,像蒙脱石散可以发挥很好的止泻作用;双歧杆菌三联活菌片可以补充益生菌,改善腹泻症状。