两种抗生素都是属于常用的抗生素，但是属于不同的抗生素的类别，而且作用的机制是不同的。
首先，红霉素是一个大环内酯类的抗生素，作用的机制是通过抑制细菌蛋白质的合成来发挥作用的，而阿莫西林是通过抑制细菌细胞壁的合成来发挥作用。
此外，抗菌谱是不同的。我们知道阿莫西林是常用的一个口服的抗生素，抗菌谱是比较广的，可以对于一些革兰氏阳性菌，比如像链球菌或者是葡萄球菌，此外对于一些革兰氏阴性菌，像大肠埃希菌或者是流感嗜血杆菌、奇异变形杆菌等都有很好的抗菌活性。
而红霉素主要是对于一些革兰氏阳性菌，比如链球菌和葡萄球菌属，还有一些革兰氏阳性杆菌有抗菌活性。此外，红霉素有一个特点就是对于一些支原体或者是衣原体，还有一些立克次体属也有一定的抑制作用的，所以红霉素目前在临床中主要可以用于一些支原体或者是衣原体引起的感染，而且如果是青霉素过敏的一些患者的话，可以做一个替代用药来治疗，可以治疗链球菌或者是肺炎链球菌等引起的扁桃体炎或者是咽炎等。
安全性是有一定差别的。我们知道阿莫西林是属于青霉素类的抗生素，可能会有过敏反应的发生，所以在用药前是需要做皮试。而且阿莫西林主要是通过肾脏来代谢的，所以对肾脏的副作用会大一些。而红霉素的主要副作用就是会有一定的胃肠道的反应，此外对于肝毒性的副作用是比阿莫西林要大一些的。
