穿透性角膜移植术可能会引起继发性青光眼的发生,其原因是由于眼压升高,这也是角膜移植后致盲的主要原因。由于虹膜周边前黏连、后黏连,长期使用糖皮质激素类滴眼药水,粘连物质没有完全取出,房角受损等等,这些都可以引起眼压升高,继发性青光眼的发生。当发生继发性青光眼时,必须使用药物氩激光,滤过性手术或者硅胶管植入、睫状体冷凝术等等进行治疗。
穿透性角膜移植术它的其它的并发症,有前房变浅或消失,是由于伤口渗漏脉络膜脱离所致,当发生时需要加压包扎重新的缝合。
移植的排斥反应是一种复杂的免疫反应,以细胞免疫为主,是角膜移植失败的主要原因。重点在于早期发现,早期治疗,可使用皮质类固醇激素滴眼,结膜下注射或全身用药等,联合免疫抑制剂环孢素使用,可以加强疗效。