引起结石形成的因素很多种,包括性别、年龄、种族、遗传、以及环境因素、饮食习惯、以及职业因素都是形成结石的原因,最常见的就是身体的代谢异常,比如形成尿结石的物质排出增多,尿液ph值改变,在酸性尿中容易形成尿酸和胱氨酸结石;在碱性尿中容易形成磷酸镁铵及磷酸盐结晶。
尿中抑制晶体形成或者聚集的物质减少,比如枸橼酸,以及酸性黏多糖减少等。尿量减少,使盐类呈过饱和状态,以及局部的因素,包括尿路梗阻、尿路感染,以及尿路中存在异物都会诱发结石形成。一些药物,比如维生素d、维生素c1、乙酰唑胺都可以导致结石形成。