子宫内膜异位症病因目前尚不清楚，主要有以下几种学说：
第一种是种植学说，传播的途径主要包括以下三点：一、经血逆流；二、淋巴以及静脉的播散；三、医源性的种植的，医源性的种植就包括腹部切口和分娩后的会阴切口出现内膜异位症，可能是由于手术时将子宫内膜带到切口直接种植导致。
第二种学说就是体腔上皮化生学说，认为卵巢表面的就是上皮，盆腔腹膜均是由胚胎期高度化生潜能的体腔上皮分化而来。
第三就是诱导学说，就是由于未分化的腹膜组织在内源性的生物化学因素的诱导下，可以发展成为子宫内膜组织，种植的内膜可以释放化学物质诱导未分化的间充质形成了子宫内膜异位组织。
子宫内膜异位症的形成可能还有下列的因素有关：
第一是遗传的因素，内异症具有一定的家族聚集性，可能与遗传有关。
第二就是免疫与炎性的因素，免疫调节异常在子宫内膜异位症的发生发展各环节也取得非常重要的作用。
第三就是其他因素，国内有些学者提出在位内膜的决定论，认为就是在位的子宫内膜的生物的特性是内异症发生的决定的因素，如果局部微环境的改变，可以影响内异症患者在位的子宫内膜的特性，如黏附性，侵袭性，刺激形成血管的能力均比非内异症患者的在位的子宫内膜要强，环境因素也与子宫内膜异位症有一种存在的潜在的联系。
另外，血管生成因素也可能参与内异症的发生，有些患者腹腔液中VECF等血管生成因子增多，使盆腔微血管生长增加，也易于异位子宫内膜的种植生长。
