肠套叠按病因分型分为原发性肠套叠和与继发性肠套叠两类。
大部分的原发性肠套叠是发生在婴幼儿时期,其中尤以四个月到十一个月者最多,男童约为女童的两倍。一般认为小孩常会有肠蠕动功能紊乱,或肠痉挛发生,严重持续的痉挛段可被近侧的蠕动力量推入相连的远侧肠段,特别是回盲部呈垂直方向连续的位置更易套入。
继发性肠套叠则多见于成人患者,它是由于肠壁或肠腔内器质性病变,比如说息肉、肿瘤、及阑尾残端翻入肠内等,被蠕动推至远侧而将肿物所附着的肠壁折叠带入远侧肠腔。
按照发病部位分型:分为回肠一结肠型、回肠盲肠一结肠型、小肠一小肠型,以及结肠-结肠型。