它是通过阻断炎症反应，调节免疫功能，根据患者病情给予个体化综合化的治疗，原则上应尽早控制疾病的症状，促进缓解，维持治疗，防止疾病的复发，防治并发症和掌握手术治疗的最佳时机。
通常给予一些抗感染药物，包括一些水杨酰硫氮磺胺吡啶，对于治疗各种的结肠炎，防止并发症有较好的疗效，有的会引起恶心、呕吐、头痛、皮疹、粒细胞的减少、贫血或者是肝功能不良。如果是没有见效或者是有不良反应，可改用甲硝达唑或者是新霉素等药物也是有很好的效果。
还有一种就是激素治疗，肾上腺皮质激素、氢化可的松和强的松可改进全身症状，使病程缓解，排粪次数减少，复发症状减轻和食欲的增加。但也有的病人效果不好，并可使溃疡穿孔、出血和愈合的缓慢。现在认为应用范围较小，对于急性爆发性或者是早期发作严重的病人可使症状明显减轻，病情好转，对于一些长期的反复发作的效果并不满意。皮质激素单位溶于葡萄糖溶液静脉滴注症状改进后改用肌肉注射，氢化可的松静脉注射症状缓解后逐渐的减量可给药物，皮质激素对缓解症状比可的松的效果要稍微好一些，但维持缓解的效用不如可的松，这种治疗如症状无改进，不应继续超过两周。
还有其它的一些治疗，包括一些免疫抑制药治疗或者是一些止泻治疗，应该在医生的指导下根据个人的症状来进行治疗方案。
