一般而言,对衣原体感染有效的药物对支原体感染也有效,必要时可采用四环素类药物,常用的四环素有多西环素、米诺环素,大环内酯的药物常用的有红霉素、琥乙红霉素、罗红霉素、阿奇霉素,和喹诺酮类药物,常用的有氧氟沙星、左氧氟沙星及大观霉素、克林霉素、克拉霉素等治疗生殖道支原体感染,疗程为一到两周。
其中红霉素对人型支原体无效,克林霉素对解脲支原体无效。对女性盆腔炎应考虑其多因素,治疗应包括针对淋球菌、沙眼衣原体、人型支原体及厌氧菌的抗生素进行治疗,对于可能有支原体感染引发的前列腺炎,宜采用米诺环素治疗,因为米诺环素能穿过前列腺包膜,而在前列腺内达到杀灭支原体所需要的药物浓度。