主要的不良反应会引起胃肠道的不适,这与阻止摄入脂肪吸收的药理作用有关,很常见的不良反应为油性斑点、胃肠排气增多、大便有紧急感、脂肪性大便、脂肪泻、大便次数增多和大便失禁,随膳食中脂肪成分的增加,上述不良反应的发生率也相应增高。
改善饮食结构尤其是脂肪含量的控制抑制,低脂饮食可以减少发生胃肠道不良反应的可能性,这些胃肠道不良反应通常是轻度和异过性的,他们在治疗早期出现,大部分只出现一时期的不良反应,也有胃肠道的急性反应,比如腹痛、胃肠胀气、水样便、软便、牙齿不适、牙龈不适。
其他少见的不良事件有上呼吸道感染、下呼吸道感染、流行性感冒、头痛、月经不调、焦虑疲劳、尿道的感染,极少数也有出现大疱疹,还转氨酶和碱性磷酸酶的升高以及罕见的肝炎等病例的报道,另外也有联合服用奥利司他和康宁的会产生有凝血酶的减少。