抗生素疗程因感染的病原菌种类不同而异，《抗菌药物疗程应用指导原则》2015版指出，抗生素一般宜用至体温正常、症状消退后3-4天。但一些难治性细菌，比如A组链球菌引起的咽炎和扁桃体炎，青霉素类或头孢菌素至少要用到10天，以免细菌未彻底清除引起急性风湿热或肾小球肾炎。铜绿假单胞菌因其易产生一层生物膜，抗生素不易进入，治疗时常常需要多种抗生素联合，治疗的疗程也较其它细菌长些。
而治疗复杂的尿路系统感染时间也较久，非复杂泌尿系感染，磷霉素氨丁三醇散仅需要服用1次。急性细菌性咽炎及扁桃体炎，口服青霉素类阿莫西林、口服第一代头孢或第二代头孢，疗程约10天；急性细菌性中耳炎，口服阿莫西林或一二代头孢，根据用药3天后的效果来判断接下来的治疗方案和疗程；急性细菌性鼻窦炎，口服阿莫西林克拉维酸钾，使用的天数约10-14天。
以上这些情况，仅仅是理想状态下的抗生素需要使用的天数，如果是老年人或者孩子，疗程还需要根据实际情况，比如血流感染、感染性心内膜炎、化脓性脑膜炎、伤寒、布鲁菌病、骨髓炎、B组链球菌，感染的咽炎和扁桃体炎、疗程更加长以彻底治愈，减少复发，不同的抗菌药物有不同的抗菌机制，联合药物，如结核和非结核分枝杆菌就需要长程治疗。
