肺部感染性疾病包括社区获得性肺炎、医院获得性肺炎、医疗相关性肺炎、支气管扩张并感染及肺脓肿。引起肺部感染的病原菌包括细菌、真菌、病毒,肺炎支原体军团菌,肺炎因原体寄生虫等近年随着免疫力低下人群增多弹药细菌甚至超级细菌的出现,真菌、病毒等引起肺部感染的增加,以及重症肺部感染的增加使肺部感染的诊断越来越困难。
病死率及治疗费用越来越高,重视肺部感染的病原学诊断是抗菌药物的使用经验性选择尽快过渡到战略性使用。除常规进行血痰细菌学检查外在病原学元诊断方面开展了许多新的工作对病原学元诊断起到了重要的作用。