癌胚抗原具有诊断肿瘤的意义，肿瘤状态因为细胞极性的消失，人在胃肠道呼吸系统、泌尿系统等分泌的癌胚抗原逆向返流入血，会引起癌胚抗原水平的异常升高。癌胚抗原具有监测治疗预后的意义，血清癌胚抗原含量高的肿瘤患者经过手术药物等治疗，病情会有所好转。
癌胚抗原的可能会逐渐下降，一般肿瘤术后一到四个月内，癌胚抗原水平会逐渐恢复正常或者接近正常。癌胚抗原还可以用于恶性肿瘤的辅助诊断，肿瘤发展的监测，疗效判断和预后估计，但是它的特异性不强，对肿瘤的早期诊断也不是太敏感。癌胚抗原正常的并不能排除癌症，癌胚抗原对肿瘤早期诊断不敏感，升高不多甚至不升高也是有可能的，癌胚抗原的见于癌转移也会升高的比较明显，对于原发性癌症没有转移的患者，可能不会见明显的升高。
癌胚抗原，鉴于各种肿瘤明显升高的患者比例可达到70%以上，也就是说还有30%可能不会出现升高，担当的癌胚抗原检查职能提示，可能存在癌症，但是无法确定这个癌症的部位，他是与辅助癌症诊断为主的，并不是癌症的确诊指标，癌症的发病部位不同，癌胚抗原升高多久消化系统肿瘤为主，某些部位的癌症对癌胚抗原的影响也不大，可能不见癌胚抗原升高，所以说癌胚抗原正常，并不能够就排除癌症。
