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口臭的发病原因主要是口腔局部疾患，但不容易忽视的是口臭也常是某些严重系统性疾病的口腔表现，有一些器质性疾患也会导致口臭症。
病理性口臭分为口源性口臭和非口源性口臭。据统计80%到90%的口臭来源于口腔，口腔中有未治疗的龋齿、残根、残冠不良修复体，不正常解剖结构，牙龈炎、牙周炎以及口腔黏膜病等都可以引起口臭。其中龋齿和牙周病又是最常见的相关疾病，口腔邻近组织疾病，如化脓性扁桃体炎，慢性上颌窦炎，萎缩性鼻炎可以产生脓性分泌物和发出臭味。临床上常见的内科疾病如急慢性胃炎、消化性溃疡出现酸臭味，幽门梗阻晚期胃癌常出现臭鸭蛋性口臭。
生理性口臭主要是饥饿或者是食用了某些药物或洋葱大蒜等刺激性食物，抽烟，睡眠，唾液分泌减少细菌大量分解食物残渣等都可能引起短暂的口臭。健康人的口臭可能是由于不良的口腔习惯和口腔卫生造成的舌背菌斑增多增厚所引起，一般口臭并不可怕，只要查明原因是可以治疗。
首先要考虑口臭是口源性还是非口源性，对于不能排除与口臭的相关因素应该先对于这些疾病进行局部或全身的系统性治疗，也有可能引起口臭的口腔疾病，龋齿、残根、残冠不良修复牙龈炎，牙周炎及口腔黏膜病等。应该及时对龋齿进行内科治疗，拔出残根、残冠，去除不良修复体，去除不正确的解剖结构，治疗口腔黏膜病。
