首先不同的胃肠道间质肿瘤他的清晰性确实不同,而且根据肿瘤的部位大小和分裂相以及肿瘤的术中是否完整切除,肿瘤的组织学类型、免疫组化类型和增生抗原表达、增生倍数、性别年龄、突变类型以及肿瘤的预后都是十分相关的。所以它的形态学和预后关系密切是肿瘤的生物学行为和肿瘤的最大直径可有丝分裂比率,评估预后的时候应该综合以上这些因素来进行评估的。
另外还有一些基因的变化,可以应用靶向药物来口服治疗,综合来说基因诊断以及分子生物学的一个进展,使胃肠道间质肿瘤的诊断取得了很大的进展,手术切除仍然是一个首选方法,术后可以这个口服舒尼替尼改善患者预后。