目前临床上较常见的引起成人扁桃体发炎的原因大多是细菌感染,或者细菌和病毒的混合感染。乙型溶血性链球菌是引起扁桃体发炎的主要致病菌,非溶血性链球、菌葡萄球菌、肺炎链球菌、流感杆菌,及腺病毒和鼻病毒也可引起扁桃体发炎。细菌和病毒混合感染目前在临床上也不少见,近年来还有发现厌氧菌感染者,革兰阴性杆菌感染有上升的趋势。
正常人咽部及扁桃体隐窝内存留着某些病原体,当人体抵抗力降低时病原体大量繁殖,毒素破坏隐窝上皮,细菌侵入扁桃体实质发生炎症。受凉、潮湿、过度劳累、烟酒过度、有害气体刺激、上呼吸道有慢性病灶存在等均可诱发扁桃体的炎症,急性扁桃体的病原体可通过飞沫和直接接触而传染。通常呈散发性,偶有群体发生,因此急性扁桃体患者要适当的进行隔离。