大多数的急性心肌炎患者经过适当的治疗后能够痊愈,不遗留任何症状和体征。极少数的病人在急性期,因为严重的心律失常,急性的心衰和心源性休克而死亡,病死率低于5%,10%到25%的急性病毒性心肌炎痊愈后可复发。部分患者急性期后心肌瘢痕形成,而遗留一定程度的心脏扩大,心功能衰退,心律失常,或者是心电图变化。
还有一部分病毒性心肌炎,因心肌损害持续发展产生顽固性心衰,临床表现类似充血性的心肌病。心功能有时候在经过数年后治疗可能逐渐改善甚至可转到正常并维持稳定,少数病人因房室传导阻滞需要安置人工心脏起搏器来治疗。