中毒型细菌性痢疾应该与急性胃肠炎，阿米巴痢疾等鉴别，细菌性食物中毒多集体发病，起病急，病程短，呕吐剧烈，水样便，流行性乙型脑炎的流行季节，临床表现与急性重型中毒型菌痢相似。应及早做盐水灌肠，采取大便标本做镜检细菌培养，以明确诊断。
阿米巴痢疾病起病一般缓慢，少有毒血症症状，里急后重感轻，便次较少，要注意与菌痢相区别，其腹痛以右侧为主，典型者有果酱样大便，粪镜检检红细胞成堆而白细胞少，可找到阿米巴滋养体，乙状结肠镜检查所见，两者不同与病变部位，取材检查病原体也不相同。
致病性大肠杆菌性肠炎多发生于两岁以下儿童，五到八个月发病率较高，粪便可有黏液，有腥臭味儿，较为稀薄，呈蛋花汤样，大便次数较多，容易引起脱水、酸中毒，急性肠炎，常常以家庭和集体发作，呕吐多见，大便黏液多于脓，常呈绿色胶冻状，里急后重较为少见，粪便细菌培养可以确诊。
病毒性腹泻多见于两岁之内儿童，起病急，伴有上呼吸道感染症状，大便呈水样或蛋花汤样，可有少量黏液，无腥臭味儿，粪便细菌培养阴性。
阿米巴痢疾南方多见，多发于年龄较大的儿童，起病较慢，大便次数较多，但无里急后重，大便有血和黏液，呈紫红色果酱样，新鲜大便黏液镜检可以找到阿米巴滋养体，细菌性痢疾红细胞少于白细胞，阿米巴痢疾反之。
