新型隐球菌为条件致病菌,它呈圆形或卵圆形,外壳是由细胞壁和荚膜组成的被膜,广泛分布于自然界,如水果、奶类和土壤等,为条件致病菌,当宿主免疫力低下的时候,可以致病。鸽子和其他鸟类可为中间宿主,鸽子饲养者新型隐球菌感染的发病率要比一般人群高出几倍,长期大量应用广谱抗生素、免疫抑制药、抗癌药物、接受器官移植术以及白血病、AIDS、淋巴肉瘤、系统性红斑狼疮、结核病、糖尿病等患者成为该病的主要易感人群。
新型隐球菌多由呼吸道吸入,另有三分之一的患者经皮肤黏膜、消化道感染。侵入人体的新型隐球菌是否致病,于机体的免疫力功能密切相关,人类感染新型隐球菌主要累及肺部和中枢神经系统,机体抵抗力或者是免疫力降低时,新型隐球菌侵入后随血行播散,经血脑屏障被破坏而引起脑膜炎症。因此,新型隐球菌性脑膜炎的病因为当人体免疫力和抵抗力下降时,新型隐球菌即可侵犯入血,随血型播散至脑部,形成脑膜炎。