肾盂肾炎最常见的病原菌为革兰阴性杆菌,其中以大肠埃希菌最为常见,其次为克利伯杆菌、变形杆菌、柠檬酸杆菌属等。
大肠埃希菌最常见于无症状性的细菌尿,非复杂性的尿路感染或者是首次发生的尿路感染。医院内的感染复杂性或者是复发性的肾盂肾炎,尿路器械检查后发生了尿路感染则多为肠球菌、变形杆菌、克雷伯杆菌和铜绿假单胞菌所致。
其中变形杆菌常见于伴有尿路结石的患者;铜绿假单胞菌多见于尿路器械检查后;金黄色葡萄球菌则常见于血源性尿路感染,腺病毒可以在儿童和一些年轻人中引起急性出血性膀胱炎甚至引起流行。一般因素包括,尿路梗阻、任何妨碍尿液自由流出的因素比如结石、前列腺增生狭窄、肿瘤等均可以导致尿液积聚细菌不易被冲洗清楚,而在局部大量繁殖引起感染。
其他的还有机体的免疫功能低下,比如长期使用免疫抑制剂、糖尿病、严重的慢性病等。医源性因素比如导尿留置导尿管、膀胱镜和输尿管镜检查等也可以导致尿路黏膜损伤,如果将细菌带入泌尿道易引发上行性的感染。泌尿系统结构的异常比如肾发育不良、肾盂及输尿管畸形等,也是尿路感染的易感因素。