药物治疗中主要选择抗病毒的药物,比如碘苷,又名疱疹净,主要适用于初次发作的病例,对于多次复发的病例,改用其他药物最好,比如阿糖胞苷是有一定的效果,但是对正常的细胞毒性也非常大,所以一般会选择它的衍生物环胞苷,三氮唑核苷又名病毒唑,为广谱抗病毒的药,疗效是比较好的,而且对正常细胞毒性也比较低。
无环鸟苷又名阿昔洛韦,为较有效的抗病毒药物,特别是对于疱疹病毒有明显的抑制作用,其他抗病毒药物比如阿糖腺苷,三氟胸腺嘧啶核苷等等,也可以选择肾上腺皮质激素,因为它有抑制角膜免疫反应和抗炎的作用,常常用于单纯疱疹病毒性角膜炎后期的治疗。