肛瘘的初期症状一般比较轻,一般疼痛是肛瘘初期的一个症状,瘘管通畅无炎症时一般没有疼痛,只有肛门局部略有一些肿胀感,行走时可加重,若外口封闭,瘘管存积了一些脓液或者是粪便,进入瘘管之后就会引起疼痛加重或者是排便时疼痛更剧烈,而内盲瘘则常感直肠下部和肛门部灼热不适,排粪时疼痛加重。会出现一些瘙痒的症状,肛门部皮肤由于脓液及其他排出物刺激,常常的会感到皮肤的瘙痒等一些轻度的肛瘘的症状。
还会出现一些排脓的症状,排脓是肛瘘初期的症状中的主要症状,一般来说新生成的瘘管排脓比较多,脓汁的颜色比较稠、黄色、味臭。瘘管如果是日久的排脓就会相对的减少或者是时有时无,稀淡如水,若容量突然增加,这表示又生成了新的瘘管。