慢性肾盂肾炎的临床过程反复、潜隐并为进展性。延误诊断及处理不恰当会导致最终进入终末期肾衰竭。因此一旦诊断明确，应积极地控制感染，并尽可能的纠正和去除患者存在的泌尿系统解剖异常、反流、结石和梗阻等情况。具体治疗措施包括：
第一、增强体质，提高机体的防御能力。鼓励多饮水、勤排尿，以降低髓质渗透压，提高机体吞噬细菌的能力，并冲走膀胱的细菌，减轻排尿的不适症状。膀胱刺激症状明显时可以给予碳酸氢钠1克，每日3次，碱化尿液，缓解症状。
第二、控制和去除复杂的因素：积极的去除结石、梗阻、畸形等病因，对于膀胱输尿管反流的患者给予外科治疗从而制止尿液反流，定期排空膀胱。必要时可以给予长程低剂量抑制治疗。
第三、抗感染治疗：急性发作时按照急性肾盂肾炎的处理原则进行治疗，强调治疗前应进行尿细菌培养以确定病原菌。针对细菌产生耐药性、病变部位形成瘢痕明显、局部血运比较差、病灶内抗菌药物浓度不足的情况，使用较大剂量菌类敏感抗生素，如加有酶抑制剂的半合成青霉素类制剂，疗程4~6周。对于梗阻等解剖因素难以去除、又反复发生感染的患者，可以给予长程低剂量抑菌治疗。
第四、保护肾功能：对于已经出现慢性肾功能不全的患者，应给予低蛋白饮食、降压、纠正酸中毒、排毒等肾保护措施，禁用有肾毒性的药物，以保护残余的肾功能。
