导致慢性肾盂肾炎发作的细菌最主要的为大肠埃希杆菌,其他常见的致病菌包括铜绿假单胞菌、变形杆菌和肺炎克雷伯杆菌,这些细菌不仅耐药性强而且具有较强的变异性,一般的抗生素、常规的疗程不容易将其彻底清除,这也是导致慢性肾盂肾炎反复迁延的重要原因之一。
慢性肾盂肾炎的发病机制目前尚未完全明了,主要认为与细菌的致病能力、机制的抗病力、炎症和免疫反应等方面密切相关,致病菌株必须首先侵犯尿道上皮细胞和肾盂黏膜上皮细胞才能继续增殖并入侵肾间质,细菌和细菌抗原持续存在方可诱导产生典型的慢性肾盂肾炎病变,很明显并不是所有的菌株侵犯都可侵犯肾盂进而导致肾盂肾炎,这个是要取决于细菌的致病能力。